首先，货代（代理人）并不一定以航空公司（被代理人）的名义从事航空货运业务，其经营活动往往具有独立性。
实践中，货代在与货物托运人接洽过程中并不需要表明自己是某航空公司货运代理人的身份，甚至其与托运人之间可能订立有另外一份运输合同或者委托代理合同，该合同的内容与航空公司所提供的服务内容并不相同。货代除了代替航空公司签发《航空货运单》外，往往还要向托运人和收货人提供诸如仓储、包装、报关、地面运输等服务，这显然不是出于航空公司的授意。
其次，货代除了收取航空公司支付的代理费外，实践当中往往还赚取了托运人支付的运费和航空公司收取的运费之间的差价，这些差价已逐渐成为货代的主要利润来源。而在代理法律关系当中，代理人仅有权获得被代理人支付的代理费，向第三人收取的运费应当全额交付给被代理人，货代赚取运费差价的行为实际处于违法状态。
第三，货代往往同时作为几个不同航空公司的货运代理人，而各个航空公司之间是存在竞争关系的，难以保证被代理人的利益不受损害，这种“多方代理”的情形与代理法律制度的基本原则相悖，同样处于违法状态。
因此，目前我国民航界普遍将航空公司与货代之间的法律关系界定为代理是错误的。